Большая часть их относится к главной водной артерии Кузбасса Томи, а еще часть – это прекрасная Кия и ее притоки. К самым крупным рекам можно отнести три красавицы сестры – Верхнюю, Нижнюю и Среднюю Терсь, чистейший Тайдон и Усу.

Кроме того, в заповеднике более сорока горных озер, в т. ч. самое крупное горно-ледниковое в Кемеровской области Рыбное (площадь 1500 х 500 метров, глубина около 15 метров) и самое глубокое – Среднетерсинское (900х500 метров, глубина более 60 метров).

Кстати, из озера Рыбное берет свое начало река Верхняя Терсь, одна из красивейших рек заповедника. Также в озере постоянно обитает озерная форма хариуса.

При этом большинство озер горной системы Кузнецкого Алатау безрыбные из-за низкой температуры воды.

Рыбачить нельзя. Но немножко можно

Все водоемы заповедника находятся в практически нетронутом состоянии и пребывают под бдительной охраной сотрудников государственной инспекции "Кузнецкого Алатау".

В водах наших рек обитает 14 видов рыб и 1 представитель круглоротых.

Таймень обыкновенный - рыба рода таймени семейства лососёвых. Самый крупный ее представитель. В Кемеровской области еще в первой половине ХХ века встречался во всех крупных и горных реках. В настоящее время встречается в реках: Тайдон, Нижней, Средней и Верхней Терси, в Мрассу, Кондоме, где численность ниже, и по рекам Кия и Кожух. По перекатам поднимаются вверх, где держится на ямах под корягами. Летом заходит в небольшие протоки, на нерест поднимается в верховья.

Ленок в Кемеровской области населяет горные реки Кузнецкого Алатау и Горной Шории. В прошлом был широко распространен в бассейне Томи и Кии. В настоящее время селят верхнее течение Кии, обитает в верховьях рек Нижняя, Средняя и Верхняя Терсь. Летом заходит в небольшие протоки, на нерест поднимается в верховья. А осенью скатывается к устью речек и входит в русла более крупных рек, таких как Томь и Кия.

Постоянная охрана в заповеднике не позволяет браконьерам проникать выше охранной зоны и тем самым сохраняется постоянная популяция ленка, хотя и небольшая. Вид занесен в Красную Книгу Кемеровской области.

Хариус сибирский на территории заповедника встречается практически во всех реках. Хариус предпочитает хрустально чистую воду горных рек с быстрым течением и в заповеднике таких рек достаточно. Распространен в бассейне р. Томь, в основном держится по ее горным притокам, таким как Тайдон, Нижняя, Средняя и Верхняя Терси, также обитает в долине р. Кия.

Весной хариус поднимается к самым истокам на нерест в речки с перекатами и каменистым дном. Название рыбы происходит из древнегреческого языка, где слово хариус дословно обозначало "неизвестная рыба". Кстати, его еще называют "сумеречной" рыбой, так как на охоту хариус выходит ближе к ночи или на заре. В зависимости от условий обитания этой рыбы расцветка ее может быть разной, как и строение тела. Большой спинной плавник хариуса насчитывает порядка 40 разновидностей: он может отличаться формой, размером, окраской, узором, а также наличием других элементов расцветки.

Хариус ведет обособленный образ жизни и формирует многочисленные стаи только перед началом нереста. Начинает нереститься по достижении 3-5 лет жизни, при этом может прожить порядка 15 лет.

Из карповых в заповеднике по всем речкам обитает гольян речной, горные реки населяет елец сибирский. Широко встречается пескарь сибирский, однако численность везде невелика.

Многие из перечисленных рыб используют чистую воду горных рек и озер для нереста, поэтому сохранение водоемов в таком, практически первозданном виде крайне важно не только с эстетической, но и с биологической точки зрения.